Народився у Кривому Розі. У 5 років почав займатися скрипкою у Інни Вальової, а згодом – віолончеллю у Ельвіри Зайцевої. Закінчив Одеську спеціалізовану музичну школу імені Петра Столярського, де навчався у Віктора Молдаванова та Павла Купіна, а також Одеську музичну академію (клас Валерія Казакова). На другому курсі Микола вступив до приватної академії Kalaidos Hochschule (Швейцарія), до видатного віолончеліста Юліуса Бергера, учня Антоніо Янігро, Мстислава Ростроповича та Зари Нелсової.
Виступав із провідними оркестрами, такими як Національний симфонічний оркестр України, симфонічний оркестр Львівської національної філармонії, симфонічний оркестр Дніпропетровської філармонії, Liatoshynskyi Capella.
Микола Любенко є артистом, а з 2023 року – концертмейстером групи віолончелей Національного симфонічного оркестру України під керівництвом Володимира Сіренка.
З 2023 року він є солістом Національного будинку музики, де виступає у складі камерного ансамблю «Київ». Також постійно співпрацює з піаністкою Марією Клименко.
У 2014 році Микола здобув першу премію на Всеукраїнському конкурсі віолончелістів у Львові.
Співпрацював з багатьма українськими диригентами, серед яких Володимир Сіренко, Віктор Плоскіна, Дмитро Логвін, Богдан Пліш, Наталія Кіричук.
Брав участь у міжнародних фестивалях – у тому числі Interlaken Classics (2017, у складі оркестру) та Tsinandali Festival (2019, у складі оркестру).