Народився у Кривому Розі. У 5 років почав займатися скрипкою у Інни Вальової, а згодом – віолончеллю у Ельвіри Зайцевої. Закінчив Одеську спеціалізовану музичну школу імені Петра Столярського, де навчався у Віктора Молдаванова та Павла Купіна, а також Одеську музичну академію (клас Валерія Казакова). На другому курсі Микола вступив до приватної академії Kalaidos Hochschule (Швейцарія), до видатного віолончеліста Юліуса Бергера, учня Антоніо Янігро, Мстислава Ростроповича та Зари Нелсової.
Виступав із провідними оркестрами, такими як Національний симфонічний оркестр України, Національний одеський філармонійний оркестр, симфонічний оркестр Львівської національної філармонії, Liatoshynskyi Capella, ансамбль солістів «Київська камерата», камерний ансамбль «Київські солісти», симфонічні оркестри Дніпровської та Закарпатської філармоній. Співпрацював з багатьма диригентами, серед яких Володимир Сіренко, Хобарт Ерл, Віктор Плоскіна, Дмитро Логвін, Ігор Муравйов, Юрій Літун, Богдан Пліш, Наталія Кіричук, Катерина Ніколенко.
Микола Любенко є артистом, а з 2023 року – концертмейстером групи віолончелей Національного симфонічного оркестру України. З 2025 року є артистом оркестру Ukrainian Freedom Orchestra під орудою Кері-Лінн Вілсон.
Він брав участь у міжнародних фестивалях, серед них – Interlaken Classics (2017, Швейцарія), Tsinandali Festival (2019, Грузія), «Віртуози» (2025, Україна), «Дзеркало» (2026, Україна).
Виступав із численними камерними програмами разом із такими музикантами, як Рафаела Громес, Нурон Мукумі, Юліан Рім (Німеччина), Марія Клименко-Продан, Денис Кашуба, Кирило Бондар, Гліб Сасько, камерний ансамбль «Київ» (Україна).